近日，bet365娱乐城 果树病害致灾机理及综合防控团队在Molecular Ecology Resources上发表了题为“High-Quality Genome Assembly of Diplocarpon coronariae Unveils LTR Retrotransposon-Driven Structural Dynamics in Fungi Evolution”的研究论文。该研究完成了苹果褐斑病致病真菌冠双壳菌（Diplocarpon coronariae）XN1菌株的高质量基因组组装。基于该基因组，研究揭示了LTR逆转录转座子可促进物种内序列和结构变异，并鉴定出一个由转座子介导基因组扩张形成的年轻染色体Chr15，为阐明真菌染色体进化机制提供了新见解。
长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）是真核生物基因组进化的重要驱动力，但其在真菌染色体水平上的进化调控机制尚不明确。该研究以苹果褐斑病致病真菌冠双壳菌（D. coronariae）XN1菌株为材料，完成了其端粒到端粒（T2T）级别基因组组装，并结合转录组数据与人工校验获得高精度全长转录本。基于高质量基因组与基因结构注释，该研究鉴定了冠双壳菌的双速基因组特征，并构建了图泛基因组。比较基因组学分析表明，LTR-RTs通过引起序列与结构变异促进了冠双壳菌菌株间的分化。基于锤舌菌纲（Leotiomycetes）多物种基因组的基因家族分析显示，LTR-RTs不仅参与物种特异性基因家族的形成，还驱动了基因家族的扩张。进一步的种间比较分析发现，冠双壳菌中特异性存在的年轻染色体Chr15可能起源于保守的拓扑关联结构域（TADs），并随着LTR-RTs的爆发式插入而扩展形成。该研究为理解LTR-RTs驱动真菌染色体与基因组结构演化的机制提供了新的见解。
染色体形成新机制模式图
bet365娱乐城 博士研究生高承宇为论文的第一作者，黄丽丽教授和冯浩教授为论文的通讯作者。作物抗逆与高效生产全国重点实验室实验平台为该研究提供了技术支持。该研究得到了陕西省科技重大专项（2020zdzx03-03-01）的资助。
原文链接：//doi.org/10.1111/1755-0998.70070
编辑：刘小凤
审核：赵 磊
